제약사 세무조사, 어떤 거래와 비용을 중점적으로 확인할까?

제약회사에서 세무조사 통지서를 받으면 가장 먼저 걱정하는 것이 있습니다.

“우리 회사는 어떤 부분을 집중적으로 보게 될까?”

제약사 세무조사라고 해서 모든 회사가 똑같은 항목을 조사받는 것은 아닙니다. 조사 유형과 범위, 회사의 거래구조에 따라 달라질 수 있습니다.

다만 제약업은 일반적인 매출·매입뿐 아니라 병·의원 관련 지출, 제품설명회와 학술대회, 임상시험·PMS, CSO에 지급한 수수료처럼 업종 특유의 거래가 많습니다.

따라서 장부에 비용으로 잘 넣어두었다는 것만으로는 충분하지 않을 수 있습니다.

제가 국세청 조사 현장에서 오랫동안 근무하면서 중요하게 봤던 것도 결국 비슷했습니다.

장부에 뭐라고 적혀 있느냐보다 실제로 어떤 거래였고, 그 거래를 자료로 설명할 수 있느냐가 중요합니다.

제약사 세무조사에서는 어떤 항목을 확인해야 할까?

제약사 세무조사에서는 일반적인 법인세 신고 내용과 함께 회사에서 실제로 어떤 거래가 있었는지를 살펴볼 필요가 있습니다.

특히 제약업에서는 다음 세 가지를 먼저 점검해보는 것이 좋습니다.

병원·의료인 관련 영업비와 판매촉진비

제품설명회·학술대회·임상시험·PMS 관련 비용

CSO·영업대행업체에 지급한 수수료

1. 병원·의료인 관련 영업비와 판매촉진비

먼저 병·의원과 관련해 지출된 비용입니다.

이때 단순히 비용의 액수만 보는 것이 아니라 다음 내용을 함께 확인해야 합니다.

누구에게 지급했는지

어떤 목적으로 지급했는지

실제 업무와 관련된 비용인지

지급 사실과 목적을 입증할 자료가 있는지

여기서 주의할 부분이 있습니다.

약사법은 의약품 채택이나 처방 유도, 거래 유지 등 판매촉진을 목적으로 의료인·의료기관 등에 경제적 이익을 제공하는 것을 원칙적으로 제한합니다.

다만 견본품 제공, 학술대회 지원, 임상시험 지원, 제품설명회, 대금결제조건에 따른 비용 할인, 시판 후 조사 등은 보건복지부령이 정하는 범위에서 예외가 인정될 수 있습니다.

따라서 단순히 “병원과 관련된 지출이니까 문제다”라고 볼 수는 없습니다.

누구에게, 왜, 얼마를 지급했고 어떤 근거가 남아 있는지를 개별적으로 봐야 합니다.

2. 제품설명회·학술대회·임상시험·PMS 관련 비용

이런 비용 역시 이름만 보고 판단해서는 안 됩니다.

예를 들어 제품설명회 비용으로 회계처리를 했다면 실제 제품설명회가 열렸는지, 비용은 어디에 사용됐는지, 관련 자료가 남아 있는지까지 연결해서 확인할 필요가 있습니다.

학술대회나 임상시험, 시판 후 조사도 마찬가지입니다.

약사법에서도 일정 요건을 갖춘 이러한 행위는 허용될 수 있기 때문에 중요한 것은 실제 지출내용이 법령상 요건 및 회사가 보유한 자료와 맞아떨어지는가입니다.

세무조사를 앞두고 있다면 회계팀 자료만 정리하기보다는 영업부서 등이 보관하고 있는 관련 자료까지 함께 확인해보는 것이 좋습니다.

3. CSO·영업대행업체에 지급한 수수료

CSO를 이용하고 있는 제약회사라면 이 부분도 미리 점검해볼 필요가 있습니다.

세금계산서를 받았다는 사실만 확인할 것이 아니라 다음 자료를 서로 맞춰보는 것이 중요합니다.

확인 항목

확인할 내용

계약서	어떤 영업업무를 맡겼는지

실제 용역

계약한 업무가 실제 수행됐는지

수수료	산정 기준과 실제 지급금액이 맞는지

세금계산서

계약 및 실제 용역과 일치하는지

지급내역	실제 누구에게 얼마가 지급됐는지

특히 현행 약사법에서는 의약품공급자가 의약품 판촉영업자에게 판매촉진 업무를 위탁하거나 재위탁하는 경우 위탁계약서를 작성하고, 계약서와 관련 근거자료를 5년간 보관하도록 규정하고 있습니다.

따라서 CSO 관련 비용이 크다면 세무조사 통지를 받은 뒤 급하게 자료를 찾기보다는 계약 → 실제 용역 → 세금계산서 → 지급내역이 서로 연결되는지 먼저 확인하는 것이 좋습니다.

지출보고서와 회계장부가 다르면 문제가 될까?

차이가 있다는 사실만으로 곧바로 세무상 문제가 있다고 단정할 수는 없습니다.

중요한 것은 왜 차이가 발생했는지를 설명할 수 있느냐입니다.

현행 약사법에 따르면 의약품공급자 등은 의료인·의료기관 등에 제공한 경제적 이익 등에 관한 지출보고서를 매 회계연도 종료 후 3개월 이내 작성·공개하고, 해당 보고서와 관련 장부 및 근거자료를 5년간 보관해야 합니다.

제가 조사 대응을 할 때는 이 자료들을 따로 보지 않습니다.

다음 순서로 하나의 거래를 연결해서 봅니다.

회계장부에서 비용을 확인합니다.

전표와 세금계산서를 확인합니다.

실제 계약내용을 확인합니다.

계좌 지급내역을 확인합니다.

행사나 실제 용역 자료를 확인합니다.

지출보고서와 내용이 맞는지 비교합니다.

각각의 서류만 보면 이상이 없어 보이는데 서로 맞춰보면 금액이나 지급대상, 거래내용이 설명되지 않는 경우가 있기 때문입니다.

조사 현장에서 더 곤란한 것은 단순히 금액이 큰 거래가 아니라 “이 돈은 왜 지급했습니까?”라는 질문에 장부와 실제 거래내용이 서로 다른 경우입니다.

제약사 세무조사 통지를 받았다면 회사 내부에서 먼저 설명되지 않는 부분을 찾아보는 것이 좋습니다. 그래야 조사 과정에서도 일관된 자료와 사실관계를 제시할 수 있습니다.

비용이 인정되지 않으면 법인세만 문제가 될까?

비용처리가 인정되지 않았다고 해서 항상 법인세 문제만으로 끝난다고 단정할 수는 없습니다.

법인세법상 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 일정한 지출은 손금에 산입되지 않을 수 있습니다.

여기서 한 단계 더 확인할 것이 있습니다.

“그러면 실제로 이 돈은 어디로 갔는가?”

대표자나 임직원이 사용한 것인지, 거래 상대방에게 지급된 것인지 등 실제 귀속관계에 따라 검토해야 할 세무처리가 달라질 수 있습니다.

그래서 장부에서 비용 1억 원을 발견했다면 숫자만 보고 끝내면 안 됩니다.

그 1억 원이 실제 어디로 갔고, 왜 지급됐는지까지 따라가 봐야 합니다.

제가 국세청 조사 현장에서 여러 거래를 확인하면서 반복해서 느낀 부분도 이것입니다.

금액이 크다는 이유만으로 반드시 문제가 되는 것은 아닙니다. 계약부터 지급까지 거래의 이유가 명확하고 이를 설명할 자료가 있다면 사실관계를 확인할 수 있습니다.

반대로 상대적으로 작은 금액이라도 지급 이유가 불분명하고 관련 자료가 서로 맞지 않는다면 설명하기가 어려워집니다.

제약사 세무조사 통지서를 받았다면 무엇부터 해야 할까?

제약사 세무조사 통지서를 받았다면 무작정 자료부터 모으기보다는 조사범위 확인 → 주요 거래 분류 → 증빙 교차검증 순서로 준비하는 것이 좋습니다.

1. 조사 대상 세목과 기간을 확인합니다

우선 조사 관련 통지 내용을 기준으로 조사대상 세목과 사업연도, 조사기간과 범위를 확인합니다.

그래야 어느 기간의 어떤 자료부터 살펴봐야 할지 정할 수 있습니다.

2. 제약업 특유의 주요 비용을 분류합니다

그다음 주요 거래를 연도별·거래처별로 정리합니다.

영업비·판매촉진비

CSO 수수료

제품설명회

학술대회

임상시험·PMS

병·의원 관련 지출

특히 금액이 큰 거래나 반복적으로 발생한 거래는 관련 계약과 증빙이 제대로 연결되는지 확인합니다.

3. 장부와 실제 증빙을 서로 맞춰봅니다

마지막으로 장부만 보는 것이 아니라 실제 자료를 맞춰봅니다.

제가 세무조사 대응을 할 때도 비용의 계정과목만 보고 판단하지 않습니다.

이 돈이 왜 나갔는지, 누구에게 지급됐는지, 실제 거래가 있었는지, 그리고 그 설명을 뒷받침할 자료가 남아 있는지를 먼저 봅니다.

결국 조사 과정에서 곤란해지는 경우 중 하나가 ‘설명되지 않는 거래’이기 때문입니다.

특히 제약회사는 회계팀에서는 세금계산서와 전표까지 갖춰져 있어 문제가 없다고 생각했는데, 실제 거래내용을 알고 있는 영업부서의 자료와 맞춰봤을 때 추가 확인이 필요한 경우도 생각해봐야 합니다.

따라서 회계자료만 정리하기보다 실제 비용을 집행한 부서의 자료까지 함께 살펴보는 것이 좋습니다.

이미 세무조사 통지를 받은 상태라면 자료를 많이 모으는 것에만 집중하기보다, 제출 전 거래별 사실관계와 증빙이 서로 맞는지 먼저 점검해보시길 권합니다.

회사 내부에서 판단하기 어려운 거래가 있다면 이 단계에서 세무조사 경험이 있는 세무사와 함께 검토하는 것도 방법입니다.

함께세무법인에서도 상담을 진행할 때 단순히 장부만 전달받아 보는 것이 아니라 조사 범위와 거래구조를 먼저 파악하고, 문제가 될 가능성이 있는 거래와 준비해야 할 자료를 하나씩 확인하는 방식으로 대응하고 있습니다.

핵심 정리

제약회사 세무조사를 준비한다면 다음 네 가지를 기억하시면 됩니다.

비용의 계정과목만 보고 판단하지 않습니다.

계약서와 세금계산서가 있다고 해서 그것만으로 판단하지 않습니다.

회계자료와 실제 거래자료, 지급내역을 서로 연결해서 확인합니다.

제약업 특성상 CSO 계약자료와 제품설명회·학술대회 관련 자료, 지출보고서 등도 함께 살펴볼 필요가 있습니다.

결국 중요한 것은 “이 돈이 누구에게, 왜 지급됐고 그것을 객관적인 자료로 설명할 수 있는가”입니다.

제약사 세무조사 자주 묻는 질문 Q&A

Q. 제약회사라고 해서 세무조사에서 리베이트만 확인하나요?

아닙니다. 제약사 세무조사를 리베이트 문제만으로 한정해서 볼 수는 없습니다.

조사 유형과 범위에 따라 매출·매입, 비용처리 등 일반적인 세무사항을 확인할 수 있고, 회사의 거래구조에 따라 병·의원 관련 지출이나 CSO 수수료, 제품설명회 등의 거래도 살펴볼 필요가 있습니다.

Q. CSO에 지급한 수수료도 세무조사에서 확인할 수 있나요?

조사범위와 사실관계에 따라 관련 거래가 확인될 수 있습니다.

CSO를 이용하고 있다면 계약서, 실제 수행업무, 수수료 산정근거, 세금계산서와 지급내역 등이 서로 연결되는지 미리 확인하는 것이 좋습니다.

Q. 제품설명회 비용은 모두 문제가 되나요?

그렇지 않습니다.

약사법에서도 제품설명회를 비롯한 일정한 경제적 이익 제공에 대해 법령상 범위 내에서 예외를 두고 있습니다. 중요한 것은 비용의 이름 자체가 아니라 실제 집행 내용과 관련 요건이 맞는지입니다.

Q. 세무조사 통지서를 받으면 무엇부터 준비해야 하나요?

먼저 조사대상 세목과 사업연도, 조사기간과 범위를 확인하는 것이 좋습니다.

그다음 주요 비용과 거래를 분류하고, 회계장부 → 증빙 → 계약서 → 지급내역 → 실제 거래자료 순서로 사실관계를 점검합니다.

세무조사는 통지서를 받은 순간부터 대응이 시작됩니다.

제약사 세무조사를 앞두고 있는데 어떤 거래부터 확인해야 할지 판단하기 어렵다면, 조사 통지 내용과 주요 거래자료를 기준으로 우선순위를 정해 점검해보시기 바랍니다.

필요하다면 함께세무법인에 문의해 현재 상황에서 어떤 부분을 먼저 확인해야 하는지 상담받으실 수 있습니다.